Les Jeunes Entreprises Innovantes (JEI) bénéficient de plusieurs avantages, notamment sur le plan financier : une réduction des cotisations sociales patronales, une exonération complète puis partielle de l'impôt sur les sociétés (IS), le remboursement immédiat du Crédit d'Impôt Recherche, etc. Ainsi, cet article détaille les avantages du statut de JEI.
Concernant l'URSSAF, les JEI sont exonérées des cotisations patronales d’assurances sociales et d’allocations familiales dues au titre des rémunérations versées aux personnes impliquées dans leur effort de recherche et développement. Ces personnes sont les chercheurs, les techniciens, les gestionnaires de projets de recherche, mais aussi les juristes chargés de la protection industrielle et des accords de transfert technologique, le personnel chargé des tests pré-concurrentiels, ainsi que les mandataires sociaux participant, à titre principal, aux projets de R&D de l’entreprise. Aussi, les Jeunes Entreprises Innovantes ne paient que peu de charges sociales patronales sur tout ou partie de leur personnel.
Sur le plan fiscal, les entreprises qualifiées de « jeune(s) entreprise(s) innovante(s) réalisant des projets de recherche et de développement » (au sens de l'article 44 sexies-0 A du Code Général des Impôts) sont totalement exonérées d'impôt sur les sociétés (ou d'impôt sur le revenu) sur leur premier exercice bénéficiaire (dans la limite de 12 mois). En outre, l'impôt sur les sociétés dû par ces entreprises sur leur exercice bénéficiaire suivant est diminué de moitié. Autrement dit, les JEI sont exonérées d'impôt à 100% sur un exercice bénéficiaire, puis à 50% sur l'exercice bénéficiaire suivant (voir l'article 44 sexies A du Code Général des Impôts).
Par ailleurs, les Jeunes Entreprises Innovantes ont droit au remboursement immédiat de leurs Crédits d'Impôt Recherche ou de leurs excédents de Crédit d'Impôt Recherche (article 199 ter B).
Ces entreprises sont également exonérées de l'Imposition forfaitaire annuelle (IFA), tant qu'elles remplissent les conditions leur permettant d'être qualifiées de JEI (article 223 nonies A du Code Général des Impôts).
Localement, les Jeunes Entreprises Innovantes peuvent être exonérées de la taxe professionnelle (maintenant en voie de disparition) et de la taxe foncière sur les propriétés bâties (article 1383 D). Ces exonérations de taxes résultent de choix locaux propres aux collectivités territoriales ou aux établissements publics de coopération intercommunale dotés d’une fiscalité propre (départements, communes et communautés de communes, par exemple). Par conséquent, certaines JEI n'y ont pas droit.
Enfin, les plus-values provenant de la cession de parts ou d'actions de JEI sont exonérées d'impôt sur le revenu sous certaines réserves (se référer à l'article 150-0 A du Code Général des Impôts).