Dans le cadre de missions de financement de l'innovation, on distingue deux définitions - finalement assez proches - de la recherche fondamentale.
La première est issue du document « Encadrement communautaire des aides d'État à la recherche et au développement » (Journal officiel 2006/C 323/01 du 30/12/2006). Elle stipule que la recherche fondementale désigne « des travaux expérimentaux ou théoriques entrepris essentiellement en vue d'acquérir de nouvelles connaissances sur les fondements de phénomènes ou de faits observables, sans qu'aucune application ou utilisation pratiques ne soient directement prévues. »
Cette définition, qui s'applique à tous les dispositifs de financement de l'Union Européenne (PCRD, Programme-cadre pour l'Innovation et la Compétitivité, FEDER...), ainsi qu'à de nombreux dispositifs de financement français, dont ceux de l'Agence Nationale de la Recherche, est elle-même issue du paragraphe n°240 du Manuel de Frascati, qui indique que « la recherche fondamentale consiste en des travaux expérimentaux ou théoriques entrepris principalement en vue d'acquérir de nouvelles connaissances sur les fondements des phénomènes et des faits observables, sans envisager une application ou une utilisation particulière. »
Dans le cadre du Crédit Impôt Recherche, c'est la définition de l'article 49 septies F de l’annexe III du Code Général des Impôts qui s'applique. Selon cet article, la recherche fondamentale regroupe « les activités [...] qui, pour apporter une contribution théorique ou expérimentale à la résolution des problèmes techniques, concourent à l'analyse des propriétés, des structures, des phénomènes physiques et naturels, en vue d'organiser, au moyen de schémas explicatifs ou de théories interprétatives, les faits dégagés de cette analyse. »