Selon l'instruction fiscale du 21 janvier 2000 (parue au Bulletin Officiel des Impôts 4 A-1-00, N° 27 du 8 février 2000), « les logiciels peuvent nécessiter des opérations de recherche et de développement scientifique et technique éligibles au crédit d'impôt. La réalité de ces opérations doit être vérifiée à partir d'éléments de fait tels que l'existence d'aléas techniques (contrairement au cas des logiciels applicatifs banaux où l'aléa n'est qu'économique ou commercial, l'homme de métier pouvant concevoir ceux-ci par la simple utilisation des procédés et techniques en vigueur dans la profession), le degré de complexité des travaux scientifiques à entreprendre, et la nécessité d'avoir recours à des scientifiques ou ingénieurs de haut niveau ».
Par ailleurs, cette même instruction fiscale précise que les phases du développement d'un logiciel potentiellement éligibles au Crédit d'Impôt Recherche sont :
- La phase de conception (comprenant l’étude préalable, l'analyse fonctionnelle et l'analyse organique, c’est-à-dire le travail de spécification fonctionnelle et technique) ;
- Et la phase de production, c'est-à-dire les activités de programmation et de tests et jeux d'essais (sous réserve que la phase de conception ait reposé sur des méthodes et des travaux originaux et complexes).
A contrario, la phase de mise à disposition et de suivi (qui comprend la réalisation de la documentation interne ou externe, la formation des utilisateurs et la maintenance) ne peut en aucun cas constituer une opération de recherche et de développement éligible au CIR.
Dans le même esprit, d’après le Manuel de Frascati (édition 2002), « les activités de nature courante liées aux logiciels, qui ne sont assorties d’aucun progrès scientifique et/ou technologique, et ne permettent pas de dissiper certaines incertitudes techniques, ne sont pas incluses dans la R&D. En voici quelques exemples :
- Le soutien de systèmes en place.
- [...]
- Le débogage de systèmes.
- L'adaptation de logiciels existants.
- L'établissement de la documentation utilisateur. »