Le Crédit d’Impôt Innovation (CII) vient compléter le dispositif qu’est le Crédit d'Impôt Recherche (CIR), du moins pour les entreprises répondant à la définition de la PME au sens communautaire. De fait, le CII a pour objectif de soutenir les petites et moyennes entreprises (PME) dans la « conception de prototypes ou d’installations pilotes de nouveaux produits », au-delà des phases de R&D, déjà soutenues par le CIR.
À la mi-octobre 2009, lors de son discours de lancement des États Généraux de l'Industrie (www.etatsgeneraux.industrie.gouv.fr), Christian Estrosi a évoqué la création d'un Crédit d'Impôt Innovation :
« Je veux aussi que l’on réfléchisse à la mise en place d’un "crédit d’impôt innovation", qui viendrait compléter l’actuel Crédit d’impôt recherche (CIR). Ce nouveau dispositif aurait l’avantage de couvrir des dépenses que les entreprises, notamment les PME, considèrent souvent comme des dépenses de R&D, mais qui ne sont pas prises en compte par le CIR, aujourd’hui plus axé sur la recherche fondamentale. »
