En tant que dispositif créé dans le cadre de la politique des pôles de compétitivité, le Fonds Unique Interministériel (FUI) subventionne des projets de R&D collaboratifs labellisés par un ou plusieurs pôles de compétitivité et dont les travaux sont majoritairement réalisés sur le(s) territoire(s) du pôle ou des pôles les ayant labellisés.
Les projets FUI visent à développer des produits ou des services hautement innovants, sont obligatoirement coordonnés par une entreprise (chef de file), et doivent associer au moins deux entreprises de n’importe quelle taille (PME, établissement de taille intermédiaire ou grandes entreprises) et au moins un laboratoire (laboratoires universitaires, organismes de recherche publics et/ou établissements de formation).
En matière d’organisation, le dispositif fonctionne par appels à projets, à raison de 2 appels par an, respectivement au printemps (clôture en avril) et à l’automne (clôture en novembre). Chaque appel à projets est indépendant et obéit à un cahier des charges qui peut légèrement évoluer d’un appel à l’autre.
Le financement d’un projet collaboratif de type FUI consiste souvent en un cofinancement par les ministères (via le Fonds Unique Interministériel) et par les collectivités territoriales (sur leurs ressources propres). Pour cela, les comités des financeurs, organisés localement par les services déconcentrés de l’État et Oséo, collectent les intentions de cofinancement des financeurs locaux (conseils régionaux, conseils généraux, communes...). Par la suite, le Groupe de Travail Interministériel (GTI), dont Oséo est membre, arrête la liste des projets sélectionnés et détermine l’enveloppe globale attribuée à chaque projet retenu. La sélection est alors annoncée publiquement, par un communiqué de presse commun aux ministres concernés.
Par comparaison aux projets ISI, les projets FUI ont des retombées économiques plus rapides et sont légèrement moins ambitieux mais restent très innovants. Leur financement est de l’ordre de 1,5 à 5 millions d’euros par projet (les projets ISI peuvent obtenir des financements supérieurs).
Les dépenses financées sont principalement les dépenses de personnel, les dotations aux amortissements du matériel et des équipements de recherche, les frais de mission et les prestations de sous-traitance liées aux travaux de R&D.